La misión del Instituto Patagónico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales es proveer un ámbito de investigación científica que promueva el pensamiento libre y crítico.

Generar conocimiento científico-tecnológico original en temas básicos y aplicados pertinente para la comprensión y solución de los problemas relacionados al uso, manejo y conservación de los ecosistemas continentales patagónicos, incorporando las demandas de distintos actores sociales.

Formar recursos humanos altamente capacitados en todos los niveles para la comprensión y el estudio de distintos aspectos de los problemas ambientales y productivos de los ecosistemas continentales Patagónicos.

Transferir conocimiento científico y las innovaciones tecnológicas a los distintos actores sociales y a los sectores productivos.

Delinear e implementar iniciativas que promuevan la valoración y respeto por la conservación de los recursos naturales continentales.